- Notions de Virologie :
- Agent Pathogène :
L’agent pathogène responsable de la maladie à coronavirus COVID-19 est le SARS-CoV-2 (syndrome respiratoire aigu sévère à coronavirus 2). Dans la famille des 7 coronavirus (CoV) humains, 4 d’entre eux provoquent une maladie bénigne (par exemple le rhume) et 3 provoquent une maladie humaine potentiellement létale. La transmission inter-espèces des coronavirus est ancienne, et remonte à environ 800 ans, depuis le réservoir des chauves-souris ou celui d’autres animaux, avec une fréquence supérieure au cours du 21e siècle, dont 4 transmissions au cours des 16 dernières années.
Au total, quatre événements épidémiques ou pandémiques majeurs liés à des virus respiratoires ont eu lieu au 21e siècle, dont trois ont été causés par des coronavirus : le SARS-CoV en 2003, le MERS-CoV en 2012 et le SARS-CoV-2 en 2019 (parallèlement à la grippe H1N1 en 2009).
- Vecteurs de transmission des coronavirus :
Si les mécanismes de réplication virale sont en théorie assez stables, ils peuvent évoluer en raison de changements environnementaux. Ainsi, des taux élevés de recombinaison des ARN favorisent un taux de mutation élevé et une évolution rapide des coronavirus. Toutefois, la plasticité structurelle des glycoprotéines de surface supporte des taux élevés de mutation peuvent influencer la nature de l’hôte ou la transmissibilité du virus.
Deux voies de transmission sont possibles pour expliquant l’émergence du SARS CoV (2003) : soit des chauves-souris aux humains et aux civettes, ou, de façon alternative, des chauves-souris aux civettes aux humains. De ce fait, les espèces de chauves-souris constituent un énorme réservoir de souches de coronavirus à haut risque capables de se fixer sur des récepteurs humains et d’entrer dans les cellules, avec une capacité à se répliquer dans les cellules épithéliales humaines des voies aériennes.
De plus, il existe une grande hétérogénéité des souches de CoV qui repose sur celle de la glycoprotéine S de pointe, qui est de 0 à 35% par rapport au SARS-CoV qui a émergé en 2003. Le SARS-CoV-2 actuel présente environ 23% de la variation génétique liée aux glycoprotéines de pointe du virus de 2003. Enfin,
- Caractéristiques des souches CoV à haut risque :
Les glycoprotéines S de pointe des SRAS-CoV et SARS-CoV-2 se fixent sur des récepteurs humains ACE-2 (hACE-2) pour pénétrer dans les cellules humaines. Puis reproduisent dans les cellules épithéliales bronchiques humaines primaires provoquant ainsi un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Ce dernier est sévère chez les patients présentant des comorbidités liées à l’âge. Avec plus de 10% de variation de la glycoprotéine S de pointe, les agents thérapeutiques qui pourraient être développés contre le SRAS-CoV auraient une utilité limitée contre le SARS-CoV-2.
- Épidémiologie
La répartition des nouveaux cas dans les premiers temps de l’épidémie s’est principalement concentrée en Chine. Avant janvier 2020, la plupart des premiers cas diagnostiqués étaient liés à un contact avec le marché de fruits de mer de Huanan à Wuhan (Chine). Début 2020, des cas se sont rapidement déclarés chez des personnes n’ayant pas été en contact avec ce marché. À la mi-janvier, des cas de COVID-19 avaient été diagnostiqués dans presque toutes les provinces de Chine continentale.
Entre temps, de premiers cas étaient identifiés hors du pays. Ainsi, le 25 février, le nombre de nouveaux cas recensés hors de Chine dépassent celui des nouveaux cas en Chine. De même, le 4 mars, c’est le nombre de nouveaux décès recensés hors de Chine qui devenait supérieur à celui des décès signalés en Chine.
- Transmission :
Le mode de transmission principal du virus repose sur les gouttelettes respiratoires émises dans l’air ou déposées sur les surfaces. L’excrétion virale dans la salive est plus élevée au début des symptômes. En revanche, la transmission par les selles est peu probable, un seul cas de virus répliquant compétent a été rapporté à partir de selles. Aucune transmission périnatale n’a été rapportée.
Il est possible que des transmissions aient lieu à partir de personnes infectées présymptomatiques ou asymptomatiques. La contamination communautaire est liée à la fréquence des asymptomatiques, qui rendent le SARS-CoV-2 plus difficile à contenir que le SRAS-CoV. D’autre part, les hôpitaux constituent des épicentres favorables à la propagation de la maladie.
- Répartition de la maladie COVID-19 selon l’âge :
La plupart des patients hospitalisés étaient des adultes d’âge moyen (qui représentent également la majeure partie de la population générale). Ce sont Les adultes de plus de 60 ans qui forment une maladie beaucoup plus grave et sont à surrisque de décès (taux de létalité (CFR) indiqué en rouge sur le graphique).
Par contre, les infections sont limitées chez les enfants mais une susceptibilité identique que celle des adultes est possible surtout qu’il existe une sous-notification des infections pédiatriques liée à une présentation clinique plus légère que les adultes et donc non identifiée comme étant un COVID19 Positif.
Les chiffres exacts du CFR dépendent de plusieurs facteurs tels que la situation géographique, le système de santé, le profil des patients touchés par la maladie, le nombre de personnes testées, etc.
- Pathogenèse et symptômes :
- Principaux signes
– Fièvre : Le symptôme prédominant est la fièvre avec jusqu’a 80% des patients pouvant la développer au cours de la maladie, même si sa prévalence est plus faible en cas de symptômes précoces (seulement 44% des patients).
– Toux sèche : jusqu’à 50% des patients
– Myalgies / arthralgies : jusqu’à 25% des patients
– Céphalées ou troubles gastro-intestinaux : faible fraction pouvant précéder la toux et la fièvre.
– Autres : conjonctivite, anosmie, cardiopathies, troubles neurologiques…
– Aucun ensemble de symptômes n’aide au diagnostic différentiel du Covid-19 par rapport aux autres maladies virales respiratoires, comme la grippe.
- Période d’incubation : en médiane est de 4 à 6 jours, mais peut s’étaler entre 2 et 14 jours.
- Evolution :
La plupart des personnes atteintes se rétablissent avec des traitements de support. Les autres peuvent développer des complications comme une pneumonie, une insuffisance respiratoire, syndrome de défaillance multiviscérale.
La principale cause de décès pour les trois CoV (MERS-CoV, SARS-CoV et SARS-CoV-2) est le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), avec un taux de létalité en cas de maladie pulmonaire terminale de 30%, par hypoxie, défaillance d’organe…
Le SDRA est lié a la destruction par le virus de la paroi cellulaire des alvéoles, permettant au liquide interstitiel de traverser la barrière et provoquer un œdème pulmonaire à risque létal.
Enfin une fibrose pulmonaire peut apparaitre durant le processus de réparation par superpositions de fibroblastes entre les alvéoles et le lit capillaire, empêchant la diffusion de l’oxygène et conduisant à la suffocation.
Las personnes malades présentant un risque de décès plus élevé sont testées en premier. De ce fait, a mesure que les personnes moins sévèrement atteintes sont testées, le taux de létalité diminue. Et donc une partie des décès dépend également de la façon dont la maladie est identifiée et traitée.
Compte tenu de tous ces facteurs, l’estimation actuelle la plus fiable concernant le taux de létalité liée au COVID-19 se situe entre 0,5% et 3,5%. Les groupes à haut risque sont les personnes présentant des comorbidités et un âge avancé (CFR> 5%).
Par comparaison, ce chiffre est de 0,1% pour la grippe saisonnière. Le COVID-19 pourrait donc être 5 à 35 fois plus mortel.
- Diagnostic
Le diagnostic est posé par test RT-PCR d’un échantillon prélevé dans les fosses nasales par écouvillon.
Toutefois, des tests sérologiques vont bientôt être disponible pour évaluer l’état immunitaire des sujets vis-à-vis le virus et donc pouvoir déterminer s’il y a eu contact avec ou non avec le COVID-19
- Développement thérapeutique
- Traitement curatif :
Aucun médicament ni traitement immunitaire ou vaccin n’est spécifique pour traiter l’infection aux coronavirus.
Au 3 mars 2020, 261 essais cliniques de traitement du COVID-19 sont enregistrés selon le registre de l’OMS. Le Pr Didier Raoult, infectiologue à Marseille propose un traitement à base de l’hydroxychloroquine (dose de 600 mg pendant 10 jours) + azythromicine à J1 500 mg et 250 mg de J2 à J6, ECG à J0 et J2, plus une antibiothérapie à large spectre en cas de pneumonie sévère. En chine, les doses administrées de Chloroquine ont été plus élevées, 500 mg x2, proche des doses toxiques.
- Vaccins :
Les plateformes technologiques de développement de vaccins ont permis de réduire progressivement le temps nécessaire avant le premier essai clinique dans la lutte contre les maladies émergentes :
Les difficultés d’un potentiel traitement est qu’il pourrait être limitée dans les populations âgées. De plus, un vaccin adapté à un sérotype de virus pourrait ne pas protéger les personnes contre des souches virales variables.
D’autre part, le vaccin inactivé contre le CoV responsable du SRAS CoV et celui ciblant la glycoprotéine S ont provoqué une pathologie immunitaire Th2 et accru les symptômes dans des tests précliniques.
- Médicaments expérimentaux
– Remdesivir : est un inhibiteur de ribonucléase qui inhibe la réplication virale en culture cellulaire de différents CoV: il est efficace dans les modèles animaux de la maladie CoV (souris, primates). Les tests cliniques du remdesivir dans le COVID-19 ont débuté via trois essais contrôlés chez des patients hospitalisés, deux autres essais étant en phase pré-recrutement.
– L’EIDD 1931 : est un autre inhibiteur de ribonucléase en cours d’évaluation par la FDA.
– Lopinavir/ritonavir : inhibiteurs de protéases, est une combinaison utilisée pour prévenir et traiter le VIH qui est aujourd’hui évalué comme médicament expérimental dans d’autres CoV.
– Autres antirétroviraux à large spectre.
– Anticorps monoclonaux sont également testés.
- Contrôle de l’épidémie
Les interventions non pharmaceutiques reposent sur la distanciation sociale et doivent être appliquées partout (à la maison, à l’école, au travail ou lors des regroupements).
Il faut éviter tout contact étroit avec des personnes malades, et éviter de se toucher le visage.
Le lavage des mains avec du savon et de l’eau pendant 20 secondes est une meilleure option que le gel désinfectant.
Commentaire d’expert :
«Le SARS-CoV-2 est, comme le SARS-CoV, est un virus dangereux. Il existe au moins 1 300 espèces différentes de chauves-souris sur une planète et nous n’avons recensé que 50 à 75 espèces au total pouvant transporter le coronavirus. La plupart des gens pensent que la souche du SRAS de 2003 circule toujours dans les chauves-souris et qu’elle pourrait réémerger »
« Les données suggèrent que les chauves-souris sont de plus en plus contraintes dans leurs lieux d’hibernation, et que des virus peuvent utiliser des protéines orthologues (fonctionnellement équivalentes) de récepteurs ACE-2 parmi différentes espéces de chauve-souris. La population zoonotique est maintenant porteuse de virus qui ont évolués pour utiliser différents récepteurs de chauve-souris ACS 2 et certains d’entre eux peuvent parfois cibler l’homme. Vous n’avez donc pas besoin de ce processus d’adaptation classiquement axé sur les mutations pour déclencher l’infection. Dans certains cas, ces virus sont capables de se programmer directement au cours d’une épidémie. » Ralph S. Baric, PhD, Université de Caroline du Nord
Texte rédigé par Ana SARIC, Conférence reports, 16 Mars 2020, revu par le Pr Khaled Bessaoud, épidémiologiste (OMS), le Dr Fouad Kahia-Tani (CREDES) et Dr Amir Mahdjoubi (Ophtalmologiste)
- Virtual CROI 2020, Special Lunch-Time Session on COVID19 https://special.croi.capitalreach.com
- Zunyou Wu, Chinese Center for Disease Control and Prevention (15-minute live video update from China)
- John T. Brooks, US Centers for Disease Control and Prevention, Division of HIV/ADIS prevention (15-minute update)
- Ralph S. Baric, University of North Carolina, (25-minute lecture)
- Anthony S. Fauci, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health (15-minute recorded update for CROI attendees)
- The Novel Coronavirus Pneumonia Emergency Response Epidemiology Team. The Epidemiological Characteristics of an Outbreak of 2019 Novel Coronavirus Diseases (COVID-19) — China, 2020[J]. China CDC Weekly, 2020, 2(8): 113-122.
- Didier Raoult, Jean-Christophe Lagier, Philippe Brouqui, IHU Marseille, Lancet, mars 2020 en cours
- Illustrations from Medscap